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當(dāng)前位置：模擬計(jì)算 ? 分子動(dòng)力學(xué) ?

分子動(dòng)力學(xué)-分子對(duì)接

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分子動(dòng)力學(xué)-分子對(duì)接

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項(xiàng)目介紹

分子對(duì)接是計(jì)算分子間相互作用的方法，用于預(yù)測(cè)配體（小分子、藥物、底物）與受體（蛋白質(zhì)、核酸、酶）的結(jié)合模式、結(jié)合親和力及結(jié)合位點(diǎn)；分子動(dòng)力學(xué)則在此基礎(chǔ)上對(duì)復(fù)合物體系進(jìn)行原子尺度的時(shí)間演化模擬，分析結(jié)合穩(wěn)定性、構(gòu)象變化及結(jié)合自由能

樣品要求

1. 受體結(jié)構(gòu)文件：蛋白質(zhì)/核酸的晶體結(jié)構(gòu)（PDB格式），若無(wú)可提供氨基酸序列進(jìn)行同源建模

2. 配體結(jié)構(gòu)文件：小分子結(jié)構(gòu)（SDF、MOL2、SMILES格式）及三維構(gòu)型

3. 結(jié)合位點(diǎn)信息：已知結(jié)合位點(diǎn)坐標(biāo)、活性中心殘基，或需進(jìn)行盲對(duì)接

4. 對(duì)接參數(shù)：對(duì)接軟件（如AutoDock、Glide、Schr?dinger）、對(duì)接盒范圍、對(duì)接精度

5. 分子動(dòng)力學(xué)參數(shù)：力場(chǎng)（如AMBER、CHARMM、OPLS）、模擬時(shí)長(zhǎng)、溫度、溶劑模型、離子濃度

6. 輸出要求：
- 對(duì)接打分及最優(yōu)結(jié)合構(gòu)象
- 結(jié)合模式二維/三維圖、相互作用指紋圖譜
- 均方根偏差（RMSD）、均方根漲落（RMSF）
- 結(jié)合自由能計(jì)算（如MM-PBSA/MM-GBSA）
- 氫鍵及疏水相互作用隨時(shí)間變化分析

項(xiàng)目案例

常見(jiàn)問(wèn)題

1、Q1、如果計(jì)算結(jié)果與預(yù)期不符合怎么辦？

1.科研計(jì)算服務(wù)是一個(gè)探索的過(guò)程，其中存在不確定性。服務(wù)方對(duì)理論計(jì)算得到的數(shù)據(jù)負(fù)責(zé)，但不保證理論數(shù)據(jù)能夠與預(yù)期結(jié)果完全一致。如果需要可以對(duì)模型進(jìn)行適當(dāng)調(diào)整，調(diào)整過(guò)程中若增加計(jì)算或者大規(guī)模的重新計(jì)算，需增加計(jì)算費(fèi)用，價(jià)格另行協(xié)商。

2.模擬計(jì)算存在不確定性，我們對(duì)計(jì)算過(guò)程的正確性負(fù)責(zé)。計(jì)算開(kāi)始之后會(huì)消耗軟件，機(jī)時(shí)以及人力成本，所以不支持退款，敬請(qǐng)諒解

2、Q2、模擬計(jì)算項(xiàng)目服務(wù)范圍？

1.計(jì)算完成之后提供所需的計(jì)算方法，計(jì)算結(jié)果數(shù)據(jù)和圖文，以及關(guān)于計(jì)算結(jié)果中疑問(wèn)的解答；

2.文章回復(fù)意見(jiàn)中模擬計(jì)算問(wèn)題進(jìn)行適當(dāng)?shù)慕獯穑舴蹈搴笮枰黾佑?jì)算，需另行收費(fèi)。

3、Q3、關(guān)于模擬計(jì)算下單流程是怎么樣的呢？

1.如果是確定計(jì)算需求，可以直接在測(cè)試狗官網(wǎng)選擇相應(yīng)的項(xiàng)目進(jìn)行下單，提交訂單時(shí)需填寫(xiě)具體的計(jì)算內(nèi)容，預(yù)期結(jié)構(gòu)，分子結(jié)構(gòu)及相關(guān)的參考文獻(xiàn)。如果網(wǎng)站上沒(méi)有對(duì)應(yīng)的項(xiàng)目請(qǐng)選擇【私人定制】并在需求中寫(xiě)明具體計(jì)算內(nèi)容；

2.如果不能確定計(jì)算內(nèi)容，可以直接聯(lián)系工作人員進(jìn)行需求溝通。

項(xiàng)目推薦

分子動(dòng)力學(xué)-分子對(duì)接

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安心測(cè)服務(wù)說(shuō)明

7天無(wú)理由免費(fèi)復(fù)測(cè)

1. 復(fù)測(cè)保證

如果在訂單完成之后7天內(nèi)對(duì)結(jié)果存疑,可申請(qǐng)同條件免費(fèi)復(fù)測(cè)，更換條件或者參數(shù)不能參與免費(fèi)復(fù)測(cè)保障服務(wù)，全程由專(zhuān)業(yè)團(tuán)隊(duì)操作，確保結(jié)果有效性；

2. 具體細(xì)則

每單限1次復(fù)測(cè)機(jī)會(huì)，單次需小于5個(gè)樣品; 此外免費(fèi)復(fù)測(cè)樣品必須為同一樣，私人定制、云視頻測(cè)試不可享受此服務(wù)；

3. 注意事項(xiàng)

如果由于您自身樣品的情況(樣品有問(wèn)題/選錯(cuò)測(cè)試條件等)將不可享受此服務(wù)；

我知道了

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