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分子動力學-大分子對接

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分子動力學-大分子對接

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項目介紹

大分子對接是預測兩個或多個生物大分子（如蛋白-蛋白、蛋白-核酸、蛋白-多肽）之間結合模式與相互作用界面的計算方法；結合分子動力學模擬，對復合物體系進行原子尺度動態演化，分析結合穩定性、界面構象變化及相互作用網絡。

樣品要求

1. 大分子結構文件：
- 受體與配體的三維結構（PDB格式）
- 若無實驗結構，需提供序列進行同源建模或AlphaFold預測


2. 結合位點信息（可選）：
- 已知結合界面殘基或活性位點坐標
- 若無指定，進行盲對接搜索


3. 對接參數：
- 對接軟件（如ZDOCK、HADDOCK、ClusPro、RosettaDock）
- 是否考慮柔性對接（結合界面殘基柔性）
- 是否包含輔因子、金屬離子、配體


4. 分子動力學參數：
- 力場類型（如AMBER、CHARMM）
- 模擬時長（通常50-200 ns）
- 溫度、溶劑模型、離子濃度


5. 輸出要求：
- 最優對接構象及打分
- 相互作用界面殘基分析（氫鍵、疏水相互作用、鹽橋）
- 結合自由能計算（如MM-PBSA/MM-GBSA）
- 界面RMSD、RMSF分析
- 軌跡文件及復合物構象快照


6. 計算資源：如需超算機時，需明確體系原子數規模與模擬時長

項目案例
常見問題
1、Q1、如果計算結果與預期不符合怎么辦？

1.科研計算服務是一個探索的過程，其中存在不確定性。服務方對理論計算得到的數據負責， 但不保證理論數據能夠與預期結果完全一致。如果需要可以對模型進行適當調整，調整過程中若增加計算或者大規模的重新計算，需增加計算費用，價格另行協商。

2.模擬計算存在不確定性，我們對計算過程的正確性負責。計算開始之后會消耗軟件，機時以及人力成本，所以不支持退款，敬請諒解


2、Q2、模擬計算項目服務范圍？

1.計算完成之后提供所需的計算方法，計算結果數據和圖文，以及關于計算結果中疑問的解答；

2.文章回復意見中模擬計算問題進行適當的解答，若返稿后需要增加計算，需另行收費。


3、Q3、關于模擬計算下單流程是怎么樣的呢？

1.如果是確定計算需求，可以直接在測試狗官網選擇相應的項目進行下單，提交訂單時需填寫具體的計算內容，預期結構，分子結構及相關的參考文獻。如果網站上沒有對應的項目請選擇【私人定制】并在需求中寫明具體計算內容；

2.如果不能確定計算內容，可以直接聯系工作人員進行需求溝通。

分子動力學-大分子對接

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安心測服務說明
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7天無理由
7天無理由免費復測
1. 復測保證

如果在訂單完成之后7天內對結果存疑,可申請同條件免費復測，更換條件或者參數不能參與免費復測保障服務，全程由專業團隊操作，確保結果有效性；

2. 具體細則

每單限1次復測機會，單次需小于5個樣品; 此外免費復測樣品必須為同一樣，私人定制、云視頻測試不可享受此服務；

3. 注意事項

如果由于您自身樣品的情況(樣品有問題/選錯測試條件等)將不可享受此服務；

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