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實用教程丨如何用atomsk+LAMMPS大量建立SrTiO3層錯模型并篩選出最優結構?
來源:科學10分鐘 時間:2021-08-17 21:58:04 瀏覽:5514次

本文內容介紹一下atomsk源碼包中的一個例子,該例子以SrTiO3的x=[001] y=[110] z=[1-10]的晶向為晶格基失,通過atomsk大量建立xy面上,同時沿x,y方向產生連續大小位移的層錯結構,用LAMMPS計算層錯能,篩選出層錯能最小的結構。

該例子在atomskexamples/SrTiO3_gamma_surface文件夾中,我們打開腳本sto.sh可以看到該計算目的說明,以及需要的運行環境:atomsk+LAMMPS+lmp_atom2charge+gnuplot

其中lmp_atom2charge將LAMMPS的atomic類型的data文件轉換為charge類型的data文件腳本,在atomsk源碼包中的tools文件夾中可以直接下載。gnuplot為繪圖程序,通過:

sudo apt-get(yum -y) install gnuplot直接從數據庫中自動下載配置即可。

建模過程詳細如下:

首先用atomsk建立了x=[001] y=[110] z=[1-10]方向的SrTiO3單包,然后擴包為1x1x8的超胞,將x,y方向模擬盒子長度分別均分為10份(單位長度tauX)和16份(單位長度tauY)循環建立,同時沿x, y方向的層錯結構并計算其層錯能。最后用gunplot繪圖:

運行命令:chmod +x sto.sh

                ./sto.sh

運行完畢后如下:

該腳本會自動調用gnuplot繪出層錯能和x,y方向位移的關系:

這樣我們就可以很直觀的可以看到,滿足要求最優層錯結構的位置了,根據輸出的結構文件,挑出最穩定的層錯結構進行下一步工作。

這里例子取得步長為沿x,y方向均分為10和16份,如果再取密一點可以得到更精確的結果。

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全部 3小時前 四川
文字是人類用符號記錄表達信息以傳之久遠的方式和工具。現代文字大多是記錄語言的工具。人類往往先有口頭的語言后產生書面文字,很多小語種,有語言但沒有文字。文字的不同體現了國家和民族的書面表達的方式和思維不同。文字使人類進入有歷史記錄的文明社會。
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