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分子動力學-分子自組裝

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項目介紹

利用分子動力學方法，模擬分子在特定條件下通過非共價相互作用（氫鍵、疏水作用、π-π堆積、范德華力等）自發形成有序結構的動態過程，從原子尺度揭示自組裝機制、形貌演化及熱力學/動力學驅動力。

樣品要求

1. 組裝分子信息：
- 分子結構文件（MOL2、PDB、SDF格式）
- 分子化學式、拓撲結構及兩親性質（疏水/親水鏈段）
- 分子數目或濃度（如分子個數、模擬盒尺寸）


2. 環境條件：
- 溶劑類型（水、有機溶劑、混合溶劑）及水分子模型（TIP3P、SPC/E）
- 溫度、壓力、離子種類及濃度
- pH條件（影響離子化基團）


3. 力場參數：指定力場類型（如OPLS-AA、CHARMM、COMPASS、Martini粗?；┗蛴赡M方推薦


4. 模擬時長與規模：總模擬時長（通常100 ns ~ 數μs）、體系原子數/分子數規模


5. 輸出要求：
- 組裝形貌演化過程及最終構象快照
- 聚集數、膠束尺寸、形狀參數（如長徑比）
- 徑向分布函數（RDF）及配位數分析
- 氫鍵、π-π堆積等相互作用分析
- 均方根位移（MSD）及擴散系數
- 自由能景觀（FEL）分析（可選）


6. 計算資源：如需超算機時，需明確體系規模與模擬時長；粗粒化模擬可顯著降低計算成本

項目案例

常見問題
1、Q1、如果計算結果與預期不符合怎么辦？

1.科研計算服務是一個探索的過程，其中存在不確定性。服務方對理論計算得到的數據負責， 但不保證理論數據能夠與預期結果完全一致。如果需要可以對模型進行適當調整，調整過程中若增加計算或者大規模的重新計算，需增加計算費用，價格另行協商。

2.模擬計算存在不確定性，我們對計算過程的正確性負責。計算開始之后會消耗軟件，機時以及人力成本，所以不支持退款，敬請諒解


2、Q2、模擬計算項目服務范圍？

1.計算完成之后提供所需的計算方法，計算結果數據和圖文，以及關于計算結果中疑問的解答；

2.文章回復意見中模擬計算問題進行適當的解答，若返稿后需要增加計算，需另行收費。


3、Q3、關于模擬計算下單流程是怎么樣的呢？

1.如果是確定計算需求，可以直接在測試狗官網選擇相應的項目進行下單，提交訂單時需填寫具體的計算內容，預期結構，分子結構及相關的參考文獻。如果網站上沒有對應的項目請選擇【私人定制】并在需求中寫明具體計算內容；

2.如果不能確定計算內容，可以直接聯系工作人員進行需求溝通。

分子動力學-分子自組裝

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1. 復測保證

如果在訂單完成之后7天內對結果存疑,可申請同條件免費復測，更換條件或者參數不能參與免費復測保障服務，全程由專業團隊操作，確保結果有效性；

2. 具體細則

每單限1次復測機會，單次需小于5個樣品; 此外免費復測樣品必須為同一樣，私人定制、云視頻測試不可享受此服務；

3. 注意事項

如果由于您自身樣品的情況(樣品有問題/選錯測試條件等)將不可享受此服務；

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